tmodas laikā ar Daugavpils pašvaldības un sabiedrības aktīvu atbalstu 1988. gadā notiek Daugavpils teātra atjaunošana. Par galveno režisoru tiek iecelts Nauris Klētnieks. Tiek uzņemti divi aktieru kursi latviešu un krievu trupā, kuru pedagogi ir režisori Pēteris Krilovs un Anna Eižvertiņa. Veidojas mākslinieciski spēcīgi iestudējumi, izaug talantīgi aktieri, jaunais teātris gūst spožus panākumus viesizrādēs Rīgā, tomēr 1995. gadā latviešu trupas aktieri pāriet darbā uz Rīgas teātriem un latviešu teātris Daugavpilī atkal beidz savu darbību.

1996. gadā uz Daugavpili no Valmieras atnāk enerģiskais režisors Valentīns Maculevičs, ar palikušajiem krievu trupas aktieriem viņš veido jaunu Daugavpils teātri. No 2001. gada Daugavpils teātri vada Inese Laizāne. Uz patstāvīgu darbu Daugavpils teātrī ienāk režisors Harijs Petrockis. 1999. gada rudenī ar Daugavpils domes atbalstu Daugavpils Universitātē uzņemts jauns aktieru kurss. 2002. gadā Daugavpils teātrī ienāk jauns latviešu trupas sastāvs, no šī brīža teātrī pilnvērtīgā sastāvā darbojas gan krievu, gan latviešu trupas. Šajos gados Daugavpils teātris, ieskaitot teātra latviešu trupu, gūst lielu atzinību gan skatītāju, gan teātra kritiķu vidū:

-2001.gada balvu kā labākais aktieris saņem Daugavpils teātra aktieris Rūdolfs Plēpis (izrāde Sapņu spēles jeb dvēseles kumēdiņi).

-2002.gadā tiek iestudēta pirmā rokopera Čigāns sapnī, M.Čaklā librets un J.Kulakova mūzika.

Divas reizes Valmierā Blaumaņa festivālā teātris saņēma Skatītāju Simpātiju balvu par R.Blaumaņa Zagļi (2001) un No saldenās pudeles (2002) izrādēm.

Teātra izrādes, aktieri, komponisti un mākslinieki vairākkārt tiek izvirzīti Spēlmaņu nakts nominācijai:

-2003.gadā teātris saņem balvu par labāko izrādi bērniem Brīnumdaiļā skaistule, režisors V.Dupaks.

-2004.gadā teātris saņem balvu par labāko izrādi bērniem Aizej tur, nezin kur, režisors M.Mamedovs.

-2008.g. kā gada labākā izrāde bērniem tiek atzīta R.Blaumaņa Velniņi rež. V.Jansons.

2007.g oktobrī teātrī tiek veikts apjomīgs remonts - tiek atjaunota skatītāju zāle, kafejnīca, vestibils un lielā teātra skatuve, tajā skaitā arī skatuves ripa. Remonts pabeigts 2009.gada maijā.

2011. gadā par teātra māksliniecisko vadītāju un direktoru kļūst Oļegs Šapošņikovs. Tiek izveidota teātra valde, kurā ietilpst Valmieras Drāmas teātra vadītāja Evita Sniedze un Rita Strode. Kā arī tiek atjaunots teātra administrācijas sastāvs. Šajā laikā tiek iestudētas vairākas lielas izrādes kā Tartifs jeb varenā 17. gadsimta afēra rež. V.Jansons, Raimonda Paula mūzikls Dāmu paradīze, rež. O.Šapošņikovs, Monikas Zīles sarakstītā monoizrāde Rūžys byudu golūs rež. P. Krilovs un A.Sproģe, kā arī citas izrādes.